中国科学院生态环境研究中心（简称生态环境中心）始建于1975年，时为国务院批准成立的中国科学院环境化学研究所，1986年与中国科学院生态学研究中心（筹）合并，建立中国科学院生态环境研究中心，是我国第一个全国性生态环境领域综合性研究机构。
生态环境中心围绕“国家生态环境安全与可持续发展”战略定位，充分发挥生态环境中心环境科学、环境工程和生态学三大学科的综合优势，围绕国家环境保护与生态建设的重大科技需求和国际生态环境科学前沿，不断突破支撑国家生态安全、环境健康和可持续发展的重大科学理论与关键技术，为我国生态文明建设、环境治理与生态保护、实现人与自然的和谐发展做出基础性、战略性、前瞻性创新贡献，努力成为我国生态环境科学应用基础研究和技术创新基地、高级专门人才培养基地，国内领先、国际一流的生态环境综合性研究机构。
生态环境中心主要学科方向为：持久性有毒污染物的环境过程与控制、环境污染的健康风险、污染水体修复与饮用水安全保障技术、人与自然耦合机制、城市与区域可持续发展理论与对策、环境生物技术的理论与应用。力争在环境污染的健康效应与危害机制、饮用水复合污染机理、过程与控制、生态系统服务形成机理和生态效益评估等三个领域取得重大突破；重点培养新型污染物的识别及毒性效应、京津冀环境多介质复合污染协同削减与调控、城市化的生态环境效应与生态管理、大气污染成因与关键污染物控制技术、环境纳米材料与污染控制、污染物定向生物转化、固体废弃物资源化利用技术等方向。
生态环境中心现有3个国家重点实验室、1个国家工程实验室、2个中国科学院重点实验室、6个所级实验室及若干支撑服务系统平台。国家重点实验室包括环境化学与生态毒理学国家重点实验室、环境水质学国家重点实验室（环境模拟与污染控制国家重点联合实验室）、城市与区域生态国家重点实验室；中国科学院重点实验室包括中国科学院环境生物技术重点实验室、中国科学院饮用水科学与技术重点实验室；所级实验室包括：生态环境中心环境纳米技术与健康效应重点实验室、大气环境科学实验室、水污染控制实验室、土壤环境科学与技术实验室、固体废弃物处理与资源化实验室、大气污染控制中心；支撑服务系统平台包括：文献信息中心（下设7个期刊编辑部）、大型分析仪器实验室、二恶英实验室、水质分析实验室和北京城市生态系统研究站。其中二恶英实验室为实验室认可和计量认证实验室、水质分析实验室为计量认证实验室。生态环境中心是农业部批准的农药登记残留试验认证单位之一。
截至2018年底，生态环境中心有职工504人，包括中国科学院院士2人，中国工程院院士3人，发展中国家科学院院士4人，正高级研究人员110人，副高级研究人员120人，国家杰出青年科学基金获得者21人，优秀青年科学基金获得者20人。生态环境中心组建有“持久性有毒污染物形态、环境过程与毒理效应”、“环境微界面过程与污染控制”、“土地利用与生态过程”、“持久性有毒污染物的环境过程与毒理效应”等4个国家基金委创新研究群体和“持久性有毒化学污染物”、“生态系统过程与服务”、“饮用水安全”等3个中国科学院创新研究团队。
生态环境中心是国务院学位委员会批准的硕士学位（1980年）、博士学位（1986年）授予权单位之一，拥有环境科学、环境工程、生态学、环境经济与环境管理、分析化学、有机化学等博士学科培养点，环境科学、环境工程、生态学、环境经济与环境管理、分析化学、有机化学等硕士学科培养点，设有环境科学与工程、生物学、生态学博士后流动站。中国科学院博士研究生教育重点培养基地，“环境科学与工程”流动站为全国优秀博士后流动站。有在学研究生829人，其中博士生471人、硕士生330、留学生28人，在站博士后研究人员227人。
生态环境中心积极推进与政府有关部门、高校和企业的合作，大力实施国际化发展战略。在开展科技合作的基础上，努力为解决地区性生态环境问题服务，不断提高生态环境中心为地方经济建设、环境治理、生态建设和可持续发展提供科学技术支撑的能力。生态环境中心分别与美国、德国、日本、英国、加拿大、瑞士、瑞典、荷兰和澳大利亚等国的有关大学和研究所建立了良好的科研合作关系，共建联合研究所和实验室，进行学术交流和联合培养研究生。生态环境中心科研人员多人次在国际组织、专业委员会和国际期刊中任职，在相关的国际组织活动中发挥了重要作用，提高了我国科学家在国际生态环境科学等领域的科学地位。依托生态环境中心建设有联合国环境规划署持久性有机污染物分析示范实验室、住房和城乡建设部农村污水处理技术北方研究中心。生态环境中心与南澳大利亚水务公司共建国际水科学技术中心、与挪威共建中-挪环境综合研究中心、与横滨国立大学联合共建亚洲国际生态环境安全管理中国联合研究中心、与中国节能投资公司共建中环水务-生态环境中心联合研发基地、与盐城共建先进环保技术研究院。
建所以来，生态环境中心先后承担并完成了大量国家、中国科学院、省部级研究项目以及国际合作项目，共获得国家和省部级成果奖励335项，其中国家级奖励50项（以第一单位完成获得24项）；发表SCI、EI第一著者论文数连续10多年在中国科学院资源环境类研究所位列第一。生态环境中心在本领域成果丰硕，不仅在知识积累、方法储备和人才队伍等方面为生态环境领域的综合研究奠定了坚实基础，而且为制定我国新时期生态环境保护与管理政策提供了科学依据，为国家生态安全保障提供了重要科技支撑。形成了包括环境科学、环境工程、生态学、分析化学、有机化学、环境经济与环境管理专业等多学科体系，在新POPs发现和分析方法、分子毒理及其表观遗传学、二恶英控制、生态系统服务、城市与景观生态、饮用水安全控制等方面取得了高水平和原创性的研究成果；目前已形成了一支创新能力强的高水平研究队伍，初步建成了世界一流的生态环境科学研究平台。
生态环境中心1999年首批进入中国科学院知识创新工程试点。2010年，在知识创新工程综合评估中，生态环境中心获资环领域并列第一，研究所综合评估A，被评为中国科学院A类研究所。2011年第一批进入中国科学院“创新2020”和“一三五”发展规划择优支持研究所。2015年，中国科学院批准依托生态环境中心建设中国科学院生态环境科学科教融合卓越中心。2016年，国家发展和改革委员会批准依托生态环境中心建设高浓度难降解有机废水处理技术国家工程实验室。
生态环境中心是中国生态学学会、国际环境问题科学委员会中国委员会的挂靠单位。编辑出版Journal of Environmental Sciences（SCI和EI收录）、《生态学报》、《环境科学》、《环境科学学报》、《环境工程学报》、《环境化学》、《生态毒理学报》、Ecosystem Health and Sustainability等8种自然科学学术期刊。国际刊物Environmental Science & Technology Asian office、国际水协会IWA Beijing office、国际环境问题科学委员会SCOPE Beijing office设在生态环境中心。生态环境中心科学家曾分别担任国际生态学协会副主席、国际景观生态学会副主席、太平洋科学协会主席、国际科联科学计划和评估委员会、全球气候变化适应网络亚太区域科学委员会委员等重要学术组织职务；担任Environmental Science Technology，Science Advances副主编等。
