南通共青团主要职能:综合全市共青团的工作情况,拟定年度工作计划,做好年度工作总结;协调机关内各部门和单位的工作;负责团市委重大活动和重要会议的组织安排;负责机关的文秘、信访、保密、档案和接待工作;负责机关各类主要经费的计划和决算;负责机关办公用品的购置、以及对所有固定资产的登记造册、保管工作;协调、监督、管理团办企事业单位;负责南通共青团网站的建设、维护和管理工作。
组织社会力量筹集物资,扶助特困地区学生完成大、中、小学学业,援建贫困地区的希望小学,促进全市教育事业发展。指导全市共青团的基层组织、团干部队伍、团员队伍建设,开展推荐优秀共青团员作党的发展对象和推荐优秀青年人才的工作;协助管理县(市)区、局(公司)、大中专院校及直属单位团的主要领导干部,有计划地进行考察、考核;评选、表彰优秀团干部和先进基层团组织;规划指导全市团校建校和团干部的教育培训工作;承担团市委机关和直属单位的机构编制、人事管理、劳动工资、干部考核工作。