巫溪县自东汉建县以来，曾设县、郡、监、州的建制，其名称先后为北井县、始宁郡、永昌郡、大宁监、大宁州、大宁县、巫溪县。
先秦时期 巫溪县先后属巫咸国、巫臷国，夏商周属庸国鱼邑，鱼邑并于楚之后，归属巫郡。公元前277年，秦昭襄王取楚巫郡归于黔中郡，设立巫县，县域包括巫山、巫溪。
秦朝时期（公元前221年至公元前206年） 秦统一六国后，推行郡县制，巫溪县属黔中郡巫县。
汉朝时期（公元前206年至220年） 西汉，巫溪县属南郡巫县。东汉建安15年（公元210年），从巫县分设北井县，县治在今巫溪县城厢镇；建安21年（公元216年），北井县归属固陵郡（今奉节县）。
三国时期（公元220年至公元265年） 北井县（巫溪）先后属巴东郡（今奉节）、宜都郡（今宜昌）、建平郡（今巫山）管辖。
晋朝时期（公元265年至公元420年） 西晋，北井县先后属巴东郡、建平都尉、建平郡管辖；东晋，北井县建制未变。
南北朝时期（公元420年至公元581年） 刘宋、南齐、梁朝、西魏时期，北井县建制仍旧。北周初（公元557年至公元566年），在北井县设始宁郡，后改称永昌郡，郡治在今巫溪县城厢镇。天和3年（公元568年），北井县并入大昌县。
隋朝时期（公元581至公元618年） 仍沿袭郡县制。隋文帝开皇2年（公元582年）撤销永昌郡，大昌县属信州总管府和巴东郡。
唐朝时期（公元618年至907年） 改郡县制，增设道的建置，大昌县属山南东道所属夔州（今奉节）管辖。
五代十国时期（公元 907年至960年） 废置山南东道，于夔州设镇江军，后改成宁江军，大昌县属之。北宋统一五代十国后，设路，本县属夔州路大宁监。
北宋时期（公元960至公元1127年） 宋太宗端拱元年（公元988年），设大宁监，辖大昌县。监治在今巫溪县城厢镇。
南宋时期（公元1127年至公元1279年） 本县地属关系未变，仍归大宁监。
元朝时期（公元1271年至公元1368年） 四川设行中书省（称四川行省）。至元20年（公元1283年）大宁监升为大宁州，辖大昌、洵阳、平利、石泉、隆化等县。元末（公元1361年），大宁州属大夏农民政权夔州路。
明朝时期（公元1368至公元1644年） 改“路”设“府”，大宁州属重庆府。大夏灭亡之后，明洪武9年（公元1376年），降大宁州为大宁县，属四川省承宣布政使司重庆府夔州路。明洪武13年（公元1380年），改州为府，大宁县属夔州府，同年分大宁县复设大昌县。明崇祯17年（公元1644年），张献忠在四川建立大西农民政权，大宁县属之。
清朝时期（公元1644年至公元1911年） 在府、州、县之上设“道”制。顺治3年（公元1646年），李自成遗部贺珍和其子伯宁占据大宁据险抗清，至康熙2年（公元1663年），伯宁受降之后，大宁县始归顺清朝统治。康熙6年（公元1667年），撤大宁县并入奉节县。雍正7年（公元1729年），复设大宁县，属四川承宣布政使司川东道夔州府管辖。
中华民国时期（公元1912 年至1949年） 大宁县隶属川东道（今重庆）。民国3年（公元1914年6月），因本县与山西省大宁县同名，遂改名巫溪县。民国6 年至民国24年（公元1917年至公元1935年），巫溪县被军阀据为防区，先后属豫鄂靖国联军、川军、国民革命军20军和21军防区。民国24年（公元1935年），结束防区制，巫溪县属四川省第九行政督察区（今万州区）管辖。
中华人民共和国（公元1949年10月1日成立） 1949年12月14 日，巫溪县解放，20日，县人民政府成立。巫溪县隶属西南行政区川东人民行政公署万县专区。1952年9月1日，恢复四川省建制，巫溪县属四川省万县专区。1968年6月，万县专区改称万县地区；1993年，万县地区改设万县市，实行市管县的行政体制。1997年3月，重庆直辖市成立，万县市改设重庆市万州移民开发区，巫溪县随属。2000年7月，巫溪县由重庆市直接管辖。
