深圳北京大学香港科技大学医学中心由深圳市政府、北京大学、香港科技大学三方合作创办，旨在借助三方优势，在深圳经济特区这块改革热土上，打造一个高层次的、创新型的、融医疗、教学、科研、产业及高新技术成果转化为一体的现代医学中心，为深圳市及周边地区提供良好的医疗保障和服务。
合作三方于2000年10月在深圳市第三届高交会期间签署合作协议，深圳市机构编制委员会于2001年3月下文，批复同意成立深圳北京大学香港科技大学医学中心。原“深圳市中心医院”更名为“北京大学深圳医院”和“北京大学深圳临床医学院”，作为医学中心发展的母体，纳入北京大学医院管理体系，直属医学中心管理。
科研教学楼作为医学中心开展科学研究和教学的主要场所，于2009年竣工投入使用，总建筑面积近1.8万平方米，集教学、研究、开发、成果转化等为一体，其中含教学区1层，实验室5层，动物实验中心1层，科研设备资产总值超过5000万元。动物实验中心按照SPF级标准建设，于2010年11月通过广东省实验动物协会验收，成为广东省实验动物学会理事会员单位，配备完备的动物养殖及实验设备，制订了标准操作规程，面向全市提供科研服务。
医学中心内设综合管理部、医疗管理部、科研教育部，并于2018年1月新设立事业发展部，促进中心项目拓展及产业转化的孵育培养。目前医学中心已有员工近百人，其中全职员工76人，在站博士后人员30名。全职员工中获得硕士及博士学位者计51人，占员工总人数的67.1%。拥有深圳市评定的高层次人才13人，其中海外高层次人才A类1名，B类1名，C类7名，地方级领军人才1名，后备级3名。“福田英才”I类1人，II类4人。有兼职员工10余名，包括北京大学、香港科技大学客座教授及客座研究员。此外，常年有近40余名研究生在医学中心科研教学基地学习及开展研究。
作为医学中心发展的母体和基地，北京大学深圳医院进步显著。借助北京大学品牌的影响，在北京大学医学部的大力支持下，经过十来年的发展，该院医、教、研各项工作得到了全面提升，已发展成为深圳市位列前三甲的综合性医院，门急诊及住院病人量、人均工作量等指标居深圳市医疗机构前列，连续六年在深圳市医疗质量检查评比中，名列前茅，成为了深圳市民就医首选及放心的医院。
在医学及生命科学领域开展高层次的科学研究方面，医学中心取得可喜成果。生物医学研究所、泌尿外科研究所从神经生物学、肿瘤学、蛋白质组学、无精子症发生的分子机理和治疗途径探索、泌尿生殖系统恶性肿瘤的基因组学等方面开展研究，近5年来，累计在核心期刊和SCI收录期刊发表论文268篇，其中包含Nature Genetics等顶级杂志，累计影响因子698.48分；累计获得市级以上项目109项，其中国家级33项，省部级24项，市级52项，获得各级科研经费资助6438万元，2013年，生物医学研究所所长张明杰院士作为首席科学家，成功申报国家973项目《神经生长与信息传递重要蛋白质复合体的结构生物学研究》。
医学中心临床研究所于2016年3月成立，为我市的首家临床研究所。成立后第二年即引进临床研究三名团队项目“北京大学柯杨教授临床研究方法学与技术体系规范化建设团队”，同时牵头成立深圳市生物医学伦理审查顾问委员会，为区域性伦理委员会具体运行以及伦理审查相关重大问题提供咨询建议。研究所对外交流广泛且深入，促成北京大学深圳医院6个团队与密歇根大学医学院达成合作意向，同时促成天津市国家肿瘤临床研究中心深圳分中心项目落地。
自成立以来，医学中心充分利用北京大学、香港科技大学两所名校的教学力量，积极开展多种形式教学，为社会培养高层次人才。医学中心博士后科研工作站于2003年获国家人事部批准成立，是深圳市卫生系统成立最早的工作站，2005年至今已出站博士后40余名，其中在医学中心工作累计10人。医学中心还成立北京大学医学部学位评定分委员会，并在深圳临床医学院基础上申请临床硕士和博士培养点，培养大批优秀的临床医学的年轻人才。另一方面，借助在科研工作取得的良好势头，建立神经生物学、生物化学与分子生物学两个基础医学研究的博士研究生培养点。从2003年招生伊始至今，累计培养硕士研究生249名，博士研究生47名。
医学中心每年均举办各类学术讲座，邀请国内外专家来深圳开展学术交流；举办各类临床研究设计培训、研讨等近10次，深圳及周边地区参加人员近2000人；2016-2017年连续两年成功举办深圳临床研究论坛、伦理国际研讨会。牵头成立了深圳市生物化学与分子生物学会，举办华南地区生物化学与分子生物学年会；利用医学中心远程会议系统连接北大医学青年科技沙龙，双城同时开展学术讨论，获得了青年学者的追捧。
站在新的起点上，医学中心今后将探索整合平台资源的新思路，打造医教研协同发展的医学基地和研究平台，为深圳的卫生健康事业做出更大贡献。
