呼伦贝尔市蒙医药事业在70年的发展历程中，经历了从无到有、由弱到强的变化，尤其是近年来在国家、自治区、呼伦贝尔市一系列支持蒙医药发展的政策惠泽下，蒙医药事业取得了长足的发展与进步。2008年，内蒙古卫生厅批准成立呼伦贝尔市蒙医医院，按二级甲等医院进行建设，市委、市政府将蒙医医院建设项目列为20个公共公益建设项目之一，投资5000多万元进行重点建设。医院2010年建成，2011年迁入新址，2012年正式开业，2013年晋升二级甲等医院，2016年晋升三级乙等医院，2017年获批中医药健康旅游示范基地（国家健康旅游会员单位），2018年获批自治区蒙医药文化宣传教育基地和国家第二批住院医师规范化培训基地，2019年获批内蒙古自治区首批蒙医中医名院。短短十年间医院取得了跨越式发展，成为一所以蒙医药为主，集临床治疗、科研教学、预防保健、蒙药制剂、医养结合、健康旅游、国际交流、草药种植等为一体的三级乙等蒙医综合医院，承担着呼伦贝尔地区蒙医药文化传承、发展和国际交流的重任。
蒙药制剂室是呼伦贝尔地区规模最大、设备先进的蒙药制剂研发中心，已通过GPP认证，制剂品种达132种，年产量10000公斤。这些制剂验方合理、疗效确切、安全可靠，深受广大患者的认可和信赖。
呼伦贝尔市蒙医医院建有建有国家重点建设专科1个（蒙医五疗科），自治区医疗卫生领先学科1个（蒙医五疗科-针灸推拿学），自治区蒙医重点特色专科专病4个（心病科、脑病科、肝病科、心身医学科），呼伦贝尔市重点蒙医特色专科专病9个（脑病、心病、骨伤、肛肠、风湿、五疗、肝胆、布病、过敏性紫癜）。自治区草原英才1人，自治区老蒙医学术经验指导老师10人，自治区基层名蒙医1人，呼伦贝尔市名蒙医5人。承担着内蒙古医科大学蒙医药学院、内蒙古医科大学鄂尔多斯分院、内蒙古民族大学蒙医药学院、呼伦贝尔职业技术学院的临床带教工作，也是内蒙古医科大学和内蒙古民族大学的研究生培养基地，硕士生导师6人，在培研究生8名。承担各级科研项目共18项，其中国家级3项、自治区级11项、市级4项，呼伦贝尔市级非物质文化遗产代表性项目——蒙医敷血疗法、布里亚特传统绵羊疗法、小儿巴日呼疗法。
承担制定自治区蒙医药标准化项目《蒙药材蓝盆花、多叶棘豆、小白蒿标生产规范及标准制定》和《3种“地格达”（肋柱花、梅花草、扁蕾）类蒙药材标准化种植技术研究》项目，在对特色蒙药材产地自然条件、育苗技术、栽培与田间管理、病虫害防治、采收加工等方面制定生产技术标准，初步形成行业标准和地方标准，为特色蒙药材规范化种植（GAP）基地建设提供技术支撑，奠定科研基础。同时积极推进呼伦贝尔地区蒙医药文化传承，拓展蒙医药研究新领域，不断提升蒙医药科研能力，与内蒙古民族大学蒙医药研究中心合作成立呼伦贝尔分院，致力于呼伦贝尔蒙医药挖掘整理、蒙药资源普查与蒙药栽培技术研究、特色蒙药验方研究等，编写出版《呼伦贝尔蒙医验方集》等3部著作。多项科研成果获奖。
呼伦贝尔市蒙医医院新区分院全科医学科成立于2019年，拥有副主任医师2名、硕士研究生2名、护士5名，设有22张床位。主要治疗甲亢、甲减、糖尿病、高血压病、甲状腺疾病、冠心病、高脂血症、肝功能异常、肺部感染、心力衰竭、皮肤病、颈椎病、腰椎间盘突出、带状疱疹等疾病。全科医学是一个面向社区与家庭，整合临床医学、预防医学、康复医学以及人文社会学科相关内容于一体的综合性医学专业学科，是一个临床二级学科；其范围涵盖了各种年龄、性别、各个器官系统以及各类疾病。其主旨是强调以人为中心、以家庭为单位、以社区为范围、以整体健康的维护与促进为方向的长期综合性、负责式照顾，并将个体与群体健康融为一体。
呼伦贝尔市蒙医医院“治未病”中心成立于2019年，是以传播“未病先防、既病防变、瘥后防复”的蒙医“治未病”理念为核心，在现代医学体验的基础上，采用蒙医体质辨识系统等先进的蒙医诊疗设备，结合蒙医专家的临床经验，形成以蒙医体质辨识、心理评估及蒙医调养为导向的身心健康评估模式，对个体健康状态进行早期干预，实施风险预警，达到健康养生的目的。
“治未病”中心充分发挥蒙医药特色优势，创新建设的新机制，探索“蒙医特色疗法结合治未病”，结合了疗术科、肝病科、脾胃科以专科专病诊疗为基础，优质服务为依托，蒙医辨识辨证及干预调理为特色的综合医疗区。病区目前床位15张，下设1个医疗组和3个诊疗技术组。拥有医师18名（其中主任医师2名、副主任医师3名、硕士生导师1名、自治区老蒙医药专家学术经验继承工作指导老师2名、全国第四批优秀中医（蒙医）人才1名、自治区名蒙医2名）、治疗师2名。是集门诊、住院、健康评估和健康干预为一体的具有蒙医特色和优势的“治未病”中心。开展蒙医体质辨识、蒙医健康调养、蒙医特色诊疗等项目。在蒙医专家的指导下，为广大民众制定个性化的辨体养生调理方案及健康干预（包括饮食起居指导、药膳调理、经络调节、蒙药辨证调养等），适用于亚健康人群及女性、儿童、老人等特殊人群。开展高血压、糖尿病、脂肪肝、慢性胃炎、失眠、中风、孕前调理等的科普宣教和早期防治。开展各种蒙医特色疗法：蒙医针刺、蒙医温针、蒙医艾灸、蒙医诺和拉呼（推拿）、蒙药贴敷疗法、蒙医放血疗法、蒙医五味甘露药浴、蒙医茶酒疗法、蒙医特殊疗法、铜罐等二十余种，通过内调外治治疗颈肩腰腿痛、骨性关节炎、风湿性多肌痛、神经系统疾病（神经性偏头痛、坐骨神经痛）、风湿性关节炎、带状疱疹、皮肤病、脾胃病、下肢静脉曲张、失眠、妇科疾病、慢性疲劳综合征、更年期综合征、肥胖症、产后康复（包括腹直肌分离、盆底肌修复、骨盆纠正、催乳、回奶等）等疾病。
呼伦贝尔市蒙医医院扎兰屯院区成立于2021年，前身呼伦贝尔市地方病防治研究所。由于医疗机构改革，2021年8月14日，根据呼伦贝尔市人民政府市长办公会议纪要（[2021]11号）精神，呼伦贝尔市蒙医医院完成由呼伦贝尔市疾病预防控制中心管理的原呼伦贝尔市地方病防治研究所全部资产、债务及合同制人员的承接，正式将原呼伦贝尔市地方病防治研究所整合到呼伦贝尔市蒙医医院，成立呼伦贝尔市蒙医医院扎兰屯院区。
院区占地面积25000平方米，建筑面积12544平方米。内设蒙医综合病区、心血管病区、五疗科、康复科、检验科、放射科、心身医学科等科室，编制病床150张。现有职工73人，其中卫生专业技术人员60人。正高级2人，副高级6人，中级12人，初级38人。硕士研究生2人。
院区将继续发挥呼伦贝尔地区蒙医药龙头作用，打造呼伦贝尔市蒙医药事业发展新名片，传承蒙医文化的内涵，进一步完善扎兰屯院区功能设置，以蒙（中）西医结合的方式，主要治疗心血管病、脑血管病、克山病、大骨节病、布病、碘缺乏病、地方性氟中毒、地方性砷中毒、颈椎病、腰椎间盘突出等疾病。
开展各种蒙医特色疗法：蒙医针刺、蒙医温针、蒙医艾灸、蒙医诺和拉呼（推拿）、蒙药贴敷疗法、蒙医放血疗法、蒙医茶酒疗法、蒙医特殊疗法、铜罐等二十余种，通过内调外治治疗颈肩腰腿痛、骨性关节炎、风湿性多肌痛、神经系统疾病（神经性偏头痛、坐骨神经痛）、风湿性关节炎、带状疱疹、皮肤病、脾胃病、下肢静脉曲张、失眠、妇科疾病、慢性疲劳综合征、更年期综合征、肥胖症等疾病。
开展心身互动疗法，主要以蒙医心身医学整体思维模式治疗各种慢性病、亚健康状态的调理、预防保健及治未病为科室发展方向，现有“失眠症”、“牛皮癣”、“高血压病”等三个优势病种，对其他常见病：“头痛”、“慢性胃炎”、“糖尿病”、“风湿性关节炎”等方面也有较好的疗效，得到了广大患者认可。现在每天开展蒙医心身互动疗法课程。
呼伦贝尔市蒙医医院扎兰屯院区是地方病定点治疗单位。医院秉承“传承、立本、诚信、创新”之精神，坚持科学发展、防治与科研相结合的工作理念，通过蒙（中）西医结合的诊疗方法，在地方病防治研究领域取得较好成绩。
