根据（厦委〔2010〕40号）文件精神，设立厦门港口管理局，为市人民政府工作部门，副厅级。根据《中共福建省委办公厅、省人民政府办公厅关于印发〈厦门市人民政府机构改革方案〉的通知》（闽委办〔2010〕87号）和《中共厦门市委、厦门市人民政府关于厦门市人民政府机构改革的实施意见》。
厦门港口管理局主要职责：
（一）贯彻国家有关港口、航道和沿海水路运输的法律法规和政策，起草港航地方性法规、规章和政策，制定港口章程，并组织实施。
（二）负责制定港口、航运发展战略及航运、港口物流发展规划，拟订港口总体规划；负责全港水陆域的分配使用，依法负责使用岸线的管理工作。
（三）承担全港水运建设市场的监管责任。依法负责全港水运工程建设项目和港区范围内配套工程建设项目设计、招投标、质量、安全及建设的监督管理。
（四）承担全港港口公共基础设施的建设、维护和管理责任。
（五）承担全港港口、航运市场的监管责任。负责辖区内属于地方政府管理权限的港口经营和国际海上运输、沿海水路运输行业行政管理，负责沿海、国际航线的备案受理工作；牵头组织协调国家重点物资和紧急、特种物资以及军事、抢险救灾物资的水路运输和港口作业，会同有关部门做好港口集疏运组织管理工作；指导局直属单位及相关区级涉港运输行政管理部门开展相关业务工作。
（六）负责进出港船舶靠离泊位的调度安排，会同海事管理机构实施港口内船舶通航管理，指导全港引航工作。
（七）承担国家港航行政规费征收、代征责任，会同有关部门监督管理港口和水路运输企业经营性收费项目和标准。
（八）负责港航信息的采集、统计、分析、报送和发布工作。
（九）负责港口安全生产监督管理和应急处置工作；负责港口危险货物装卸、堆存的监督管理；负责港口设施保安工作；参与港区治安、交通、消防、卫生等管理工作。
（十）承担港口信息化工作的规划、建设和管理责任；指导港口重大技术改造，组织港口大型机械设备的技术检测；指导港口、航运行业环境保护和节能减排工作。
（十一）组织、指导、监督全港港口、航道、水运、水运工程质量监督的行政执法工作，依法承担有关行政诉讼应诉职责。
（十二）组织开展港口物流业发展研究，推动多式联运发展；会同有关部门协调口岸查验单位优化港口通关环境，推动内陆腹地“无水港”建设发展。
（十三）负责港口对外交流工作，组织开展港口经济技术合作，联系国际港口协会，发展国际友好港口；组织制定对台通航发展规划和方案，指导港航企业发展对台通航具体工作，联系海峡两岸航运交流协会和台湾相关港航单位。
（十四）负责联系中国人民解放军驻厦门航务军事代表办事处，组织协调全港战备和军事运输工作，保障各项战备与军事运输任务的完成。
（十五）承办市委、市政府交办的其他事项。
