福建海事局为正局级建制，隶属交通运输部，下辖一个副局级建制的分支海事局（厦门海事局）、六个正处级建制的分支海事局（宁德、福州、莆田、泉州、漳州、平潭海事局）和一个正处级建制后勤管理中心。
福建海事局机关内设办公室、法规规范处、综合计划处、财务审计处、人事教育处、指挥中心（搜救中心办公室）、通航管理处、船舶监督处、船员管理处、危管防污处、安全管理处、基建装备处、规费征稽处、科技信息处、党组工作部（组织处）、宣传处、纪检监察处、直属机关党委办公室（工会办公室）等18个处室及福建海事局政务中心、福建海事局船员考试中心等2个处室办事机构。
福建海事局管辖区域为：北界线：自福鼎沙埕港北点（27°10′06″N/120°25′06″E） ，沿118°方位线向东南延至27°00′00″N纬度线，再沿27°00′00″N 纬度线向正东延伸。南界线：自福建、广东省分界线沿117°14′00″E经度线向正南延伸至23°30′00″N纬度线，再沿23°30′00″N纬度线向正东延伸。海岸线长3324公里。
福建海事局机构职能：
一、贯彻和执行国家水上交通安全、航海保障、船舶和水上设施检验、环境保护、海洋管理等方面的法律、法规和规章，实施有关多边与双边国际条约，结合本辖区实际情况，制定实施细则，并监督执行。
二、管理或负责规定区域内国际航行船舶和国内航行船舶的船舶登记，以及船舶法定配备的操作性手册与文书审核签发工作；负责辖区内外国籍船舶管理工作和审理外国籍船舶（包括港澳地区船舶）进入本辖区未开放水域或港口的申请，并按规定程序上报审批；负责口岸的海事管理工作。
三、按照授权，负责船舶检验机构、引航机构、船员服务机构、海员外派机构和培训机构的监督管理工作；负责辖区航运公司安全与防污染监督管理工作，以及船舶所有人、经营人实施有关法律、法规、国际公约的指导和管理工作。
四、按照授权，负责船员、引航员、磁罗经校正人员和海上设施工作人员适任资格的注册、培训、考试和发证管理、船员服务簿和海员出入境证件发放及管理、船员专业与特殊培训管理及其考试发证工作。
五、负责辖区内重大水上交通事故、船舶重大污染事故处置及调查处理的组织、指挥和协调工作；负责组织、指导或具体实施辖区船舶防台、水上搜寻救助及水上交通事故、污染事故、水上交通违法案件的调查处理工作。
六、管理、指导或具体负责辖区内“船旗国”、“港口国”和“沿岸国”管理、船舶安全检查、国际航行船舶进出口岸查验、国内航行船舶进出港签证、强制引航监督、船舶保安和防抗海盗、船舶载运危险货物及其他货物的安全监督、靠泊安全监督、防治船舶污染水域监督等工作。
七、管理、指导或具体负责辖区内“沿岸国”管理、海区（或水域）巡逻、通航环境管理与通航秩序维护、水上水下施工作业审核及监督管理、锚地和重要水域划定、港区岸线使用审核、航行警（通）告发布等工作。
八、负责船舶港务费、港口建设费、船舶油污损害赔偿基金等非税收入的征收管理工作。
九、负责管理和指导本局机关和所属分支机构的海事业务、法制、规划计划、基本建设、财务会计、固定资产、规费征收、干部人事、劳动工资、技术装备、科技教育、政务信息、党群、审计、纪检监察、精神文明建设、宣传等工作。
十、承办交通运输部及交通运输部海事局交办的其他事项。
