北京市通州区第三医院前身为通州区次渠卫生院。次渠卫生院是隶属于北京市通州区卫生局的全民所有制事业单位，是北京市人力资源和社会保障局认定的医保定点医院。次渠卫生院于1965年建院，1992年迁入现址，2006年在通州区台湖镇党委政府大力支持和帮助下，投资5000万进行医院改扩建工程，2009年12月28日医院业务大楼正式落成，建筑风格简洁大气，内部布局合理，设施完备，每间病房内配备独立卫生间。
2010年1月2日正式对外开展服务。2010年4月为响应通州区政府新城建设拆迁工作，通州区老年病医院（区二级医院）整体搬迁至次渠，与通州区次渠卫生院整合成立“北京市通州区第三医院”。在“北京市通州区第三医院”机构编制申请期间，医院对外挂牌为“通州区第三医院”、“通州区老年病医院”、“通州区次渠卫生院（通州区次渠社区卫生服务中心）”，同时运行“通州区老年病医院”二级医疗机构和“通州区次渠卫生院（通州区次渠社区卫生服务中心）”一级医疗机构，下设“董村社区卫生服务站”。
北京市通州区老年病医院（二级专科医保定点医院，医保编码12155001）特色科室：泌尿外科、康复医疗科、糖尿病科、消化内科；特色技术：输尿管镜、经皮肾镜、腹腔镜、等离子电切镜、膀胱镜、体外碎石等微创技术、甲状腺疾病外科手术、无张力疝修补术、中西医结合骨伤骨病康复、慢病管理。同时，由于通州区老年病医院是北京市大病统筹、医疗保险二级专科医院，定点医院不是我院的在这里看病也可以报销。通州区次渠卫生院（医保编码12120012）服务内容：防、治、保、康、健、计六位一体的社区医疗卫生服务。
北京市通州区第三医院地处北京市通州区台湖镇次渠中心地区，西与北京市朝阳区接壤，西南毗邻北京市亦庄经济技术开发区、光机电产业开发区，距北京市区12公里、距通州中心15公里，医院周边毗邻五环路、六环路、京哈高速、京津塘高速、京津高速（京津二通道）、通黄公路、通马公路、京津城际铁路，交通便利。医院总体面积12500平方米，其中业务用房面积9996平方米，层流洁净手术室3间，设病床100张，开设内科、外科、中医科、妇产科、儿科、口腔科、眼科、康复科、急诊科、体检科、防保科、检验科、放射科、医学影像科、药剂科等一级科室，还开设心血管内科、神经内科、糖尿病科、消化内科、呼吸内科、泌尿外科、骨外科等二级专业科室，开设内科、外科、妇产科三个病区。
北京市通州区第三医院现有在职职工214人，其中卫生专业技术人员184人，拥有高级职称15人，中级职称34人，妇产科、泌尿外科、康复科、医学影像科学科带头人各1名，拥有大型医疗仪器设备包括CT、飞利浦非凡、西门子X300、日立5500彩超及工作站，导津800毫安X光机（X光）、复式CR处理器，SYSMEX-800i全自动血细胞分析仪2台，SYSMEXCA-500凝血分析仪1台、TBA40FR全自动生化分析仪1台，日立7180生化分析仪1台、华晟源尿常规分析仪1台，，普朗全自动洗板机、酶标仪各一台，奥普金标检测仪1台，QuickRead免疫比浊读书仪1台，小旋风金标读书仪1台，SLD-938电解质分析仪1台、HOLTER、腹腔镜、经皮肾镜、输尿管镜、膀胱镜、等离子电切镜、钬激光、阴道镜、体外碎石机等，年门诊人次20万。医院继续承担通州区老年病管理工作，未来发展方向为以老年疾病、神经内科、泌尿外科、妇产科学、康复医疗等为特色的二级综合医院，打造通州西南部康复医疗中心，同时承担地区社区卫生服务职能，开展社区医疗、慢病管理、团队服务和卫生防病工作。
北京市通州区第三医院服务辖25个行政村及周边多个居民小区，服务人口127283人，涵盖当地常住人口，市、区拆迁居民、市区流动人口、省际流动人口、外地务工人员、外籍技术人员，人口结构多样。次渠地区作为亦庄新城的综合服务中心，区域优势逐渐凸现，地区整体形象将有极大转变，预计二至三年内地区人口将达到25-30万，这些将为医院提供广阔的发展空间。通州区第三医院整合两家医院所长，未来将发展成为以老年病、神经内科、泌尿外科、妇产科学、社区服务、康复医疗等为特色的二级综合医院、通州西南部康复医疗中心。
该院将在北京市通州区卫生局统一领导和台湖镇政府的全力支持下，为百姓提供满意的医疗保健服务。
