中国科学院微电子研究所自诞生起就是中国半导体与集成电路事业的开创者与开拓者。1958年，为满足国家研制晶体管计算机的战略需求，中国科学院微电子研究所的前身——原中国科学院109厂应运而生。1986年，109厂与中国科学院半导体研究所、计算技术研究所有关研制大规模集成电路部分合并为中国科学院微电子中心。2003年9月，正式更名为中国科学院微电子研究所。
经过五十多年的发展，中国科学院微电子研究所已经成为国内微电子领域学科方向布局最完整的综合研究与开发机构，是中国科学院EDA中心、中国科学院物联网研究发展中心、中国科学院大学微电子学院（国家示范性微电子学院）的依托单位，是国家科技重大专项集成电路装备及工艺前瞻性研发牵头组织单位。此外,微电子所还是全国半导体设备与材料标准化技术委员会微光刻分技术委员会秘书处、全国纳米技术标准化技术委员会微纳加工技术工作组秘书处、北京电子学会半导体专业技术委员会制版（光掩模制造）分技术委员会秘书处、集成电路产业技术创新战略联盟、集成电路测试仪器与装备战略联盟、全域科研院所科技成果转化联盟、示范性微电子学院产学融合发展联盟秘书处挂靠单位。
微电子所的战略定位是：中国微电子技术创新的引领者和产业发展的推动者。2016年，微电子所坚持“三个面向”“四个率先”的新时期办院方针，在集成电路先导技术、微电子器件与集成技术、物联网核心技术与应用、科教融合微电子学院建设等方面重点推进，获多项国家和省部级奖励。
