1994年7月，按照国家进行财政税收体制改革的总体部署，新疆维吾尔自治区国家税务局正式成立，为正厅级全职能局，是新疆维吾尔自治区主管国家税收工作的职能部门。
2018年6月15日，国家税务总局新疆维吾尔自治区税务局在乌鲁木齐市挂牌成立，原新疆维吾尔自治区国家税务局、新疆维吾尔自治区地方税务局正式合并。
主要职责：贯彻执行国家的税收法律、法规和规章，并结合本区实际，研究制定具体的实施办法；根据自治区经济发展规划。研究制定本系统税收发展规划和年度工作计划并组织实施；根据经济税源和国家税务总局下达的税收计划，编制、分配和下达本系统税收收入计划并组织实施；负责中央税、中央地方共享税等的征收管理和稽查工作，负责增值税专用发票、普通发票和其他税收票证的管理工作；负责监督检查本系统税收执法情况，负责税收行政处罚听证、行政复议和诉讼工作；负责全区进出口税收和涉外税收的管理工作；负责全系统的税收会计、统计工作；负责本系统财务经费、基本建设和资产管理工作，负责审计和政府采购工作；负责本系统机构、编制和人事管理工作；负责本系统思想政治工作、精神文明建设和基层建设，做好教育培训管理工作；负责本系统纪检、监察工作；负责本系统税收信息化、现代化工作的规划和实施，建设和管理信息系统；研究税收理论和税收政策，分析税收信息，掌握税收动态，组织税法宣传；承办国家税务总局和自治区党委、政府交办的其他工作。
