四川省卫生厅设11个职能处室和机关党委：
（一）办公室
组织综合性政策调研，拟定卫生工作重大政策；综合协调机关政务工作，负责全省及直属单位的卫生目标管理，制定厅机关各项工作制度；负责厅综合性会议的组织及信息化建设；负责文秘、机要、档案、宣传、史志、年鉴、信访及机关保卫、计划生育、财务、固定资产管理、后勤保障等工作 [2] 。
（二）人事处
研究制定全省卫生人才发展规划和卫生技术人员管理办法；负责卫生队伍建设、卫生专业技术职务任职资格评审工作；负责省属中等卫生学校和其他中等卫生学校委托毕业生的分配、调剂工作；负责厅机关和直属单位的人事管理、机构编制管理等工作；负责卫生系统全省性表彰工作。
（三）计划财务处
制定全省卫生事业发展规划、年度计划和卫生资源配置标准、卫生经济政策、卫生服务收费政策以及相关的管理办法；负责全省卫生统计信息、医用设备装备、卫生建设项目、卫生引进外资项目及卫生扶贫工作的组织、实施和管理；负责直属单位卫生事业费的预、决算工作；指导并负责直属单位国有资产的监督管理、基本建设及药品集中招标采购等工作；协调卫生贷款的利用工作，可使用四川省卫生厅贷款办公室的印章 [4] 。
（四）卫生法制处
制定地方卫生立法规划（草案），组织协调地方卫生法规、规章、规范性文件的起草、报批；负责卫生行政复议、行政诉讼和听证组织工作；负责卫生监督执法人员资格认证、证件发放和队伍管理；负责组织卫生执法检查并对执法工作实施监督；负责核准卫生许可和重大卫生行政处罚；负责卫生法制宣传、教育和法制建设。
（五）基层卫生与妇幼保健处
四川省机构改革图解
四川省机构改革图解
拟订全省初级卫生保健实施规划及农村、社区卫生服务的发展规划和服务标准，并实施监督；制定妇幼卫生和提高出生人口素质的发展规划、政策措施和技术规范，并实施监督；负责母婴保健法律、法规及有关专项技术服务的实施监督；负责妇幼保健机构标准化、规范化建设与管理和全省妇女儿童发展规划纲要卫生部分的组织和实施；统筹协调健康教育工作。
（六）医政处（挂省献血办公室牌子）
拟订医疗机构的发展规划和管理办法；监督实施医疗机构的国家技术标准、医务人员职业道德和服务规范；办理规定范围内的医疗机构的审查批准手续，发放设置医疗机构批准书；办理规定范围内从业人员的资格认定及执业准入。监督管理全省医疗机构和医疗质量、服务质量；组织开展公民无偿献血和依法监督管理全省输血工作；负责血站、单采血浆站、中心血库的设置审批和采供血及临床用血质量的管理；负责全省临床检验和临床药学管理工作；负责对医疗事故的行政处理；负责全省医疗广告技术内容的审核出证。
（七）疾病控制处（挂省地方病防治办公室牌子）
制定传染病、地方病、慢性非传染性疾病的防治规划、方案、措施及技术规范；制定食品、化妆品、公共场所等卫生质量管理规范并负责认定工作；负责地方病防治、传染病防治、食品卫生、职业卫生、环境卫生、放射卫生、学校卫生、消毒杀虫灭菌工作的监督管理；负责预防接种、预防性生物制品的计划管理；协助地方政府和组织防疫人员对重大疫情、重大公共卫生事件进行调查处理，防止和控制疫情、疾病的发生、蔓延；承办省地方病防治领导小组交办的工作任务。
（八）科技教育处
制定全省医疗卫生科技发展规划，确定卫生科技优先发展领域；负责医疗卫生科研计划和科技成果的普及和应用工作；组织基础性研究、重大疾病研究、应用研究，协调国家、部、省级医药科研攻关；负责医学科研支撑条件、引进国外智力的管理和协调工作；制定全省医学教育发展规划和工作计划；负责中等医学教育和继续医学教育、住院医师培训、岗位培训、乡村医生教育等成人教育管理工作；指导学校专业建设和教学工作，实施医学教育质量监督和检查。
（九）国际合作处（挂台湾事务处牌子）
负责有关卫生方面的政府和民间的多边、双边合作交流和卫生援外工作；负责医疗卫生技术人员出国研修、学习、工作和提供技术劳务等管理工作；管理外事行政事务及厅机关外事活动；负责卫生系统港、澳特别行政区事务、台湾事务及侨务工作。
（十）保健处
制定干部医疗保健的实施办法，负责省干部保健委员会确定的保健对象的医疗保健工作；办理规定范围的“特约医疗证”等有关事宜；承办省干部保健委员会的日常工作。
（十一）省爱国卫生运动委员会办公室
拟订全省爱国卫生运动法规草案及有关政策；开展城乡社会性公共卫生管理工作，组织群众性的社会卫生监督活动；负责健康教育工作；制定全省农村改水、改厕规划、计划，协调有关部门组织实施；负责全省除害灭病、改水、改厕的技术指导等工作；承办省爱国卫生运动委员会的日常工作。
机关党委
负责厅机关和直属单位的党群工作。其办事机构的设置方式，由厅党组按照省委规定确定。
主要职责编辑
(一)贯彻执行卫生工作的法律法规和方针政策，拟定全省卫生工作的法规、规章草案，制定全省卫生事业发展规划、年度计划及技术规范，并监督实施；实行全省卫生行业管理。
(二)贯彻预防为主方针，开展全民健康教育；制定全省疾病防治规划和措施，并组织实施；负责传染病、地方病和其他常见病、多发病的防治工作。
(三)指导全省初级卫生保健、妇幼卫生、农村卫生、社区卫生工作；统筹协调全省卫生资源配置。
四川省卫生厅
四川省卫生厅 [5]
(四)监督管理食品、职业、环境、放射、学校、社会公共等卫生；制定食品、化妆品质量管理规范并负责认证工作。
(五)负责医疗机构、从业人员、医疗技术应用、大型医疗设备等医疗服务要素准入的监督管理。
(六)组织、协调、处置重大疫情、病情等突发性事件，防止和控制疫情、疾病的发生、蔓延；负责重点疾病的监测及医疗质量的监督管理。
(七)监督管理血站、单采血浆站的采供血及临床用血的质量；组织公民开展无偿献血。
(八)拟订全省医疗科研规划、计划，组织医药卫生科技的基础研究和应用研究，指导科技成果的普及应用。
(九)拟订全省卫生人才和医学教育发展规划；制定全省医疗卫生技术人员职业道德规范，加强行业作风建设。
(十)制定全省妇幼保健和提高出生人口素质的发展规划、政策措施和技术规范，监督母婴保健法律、法规及专项技术的贯彻实施。
(十一)贯彻中西医并重的方针，推进中医药的继承与创新，努力实现中医药现代化。
(十二)负责省干部保健委员会确定的保健对象的医疗保健工作。
(十三)负责有关卫生方面的政府与民间的多边、双边合作交流与卫生援外工作。
(十四)承担省爱国卫生运动委员会的日常工作。
(十五)承办省政府交办的其他事项。
根据省政府规定，管理四川省中医管理局。
