根据《中共中央办公厅、国务院办公厅关于印发<云南省机构改革方案>的通知》（厅字〔2018〕101号）、《中共云南省委贯彻<中共中央关于深化党和国家机构改革的决定>的实施意见》（云发〔2018〕27号），《中共云南省委机构编制委员会关于调整省生态环境厅内设机构和人员编制的批复》（云编〔2019〕7号），《中共云南省委机构编制委员会办公室关于明确省生态环境厅部分内设机构职责的批复》（云编办〔2020〕79号），云南省生态环境厅主要职责如下：
一、办公室
负责机关日常运转工作，承担信息、安全、保密、信访、政务公开、信息化等工作，承担全省生态环境信息网建设和管理工作。
二、省生态环境保护督察办公室
监督生态环境保护党政同责、一岗双责落实情况，拟订生态环境保护督察制度、工作计划、实施方案并组织实施，承担省级生态环境保护督察组织协调工作。承担云南省环境保护督察工作领导小组办公室日常工作。配合中央生态环境保护督察各项工作，组织抓好反馈意见问题整改落实。
三、综合处
组织起草全省地方性生态环境政策、规划，协调和审核生态环境专项规划。组织生态环境统计、污染源普查和生态环境形势分析，承担污染物排放总量控制综合协调和管理工作，拟订全省生态环境保护年度目标和考核计划。承担云南省低碳节能减排及应对气候变化工作领导小组减排办公室和云南省环境污染防治工作领导小组办公室具体工作。
四、法规与标准处
组织起草全省生态环境地方性法规、政府规章草案。承担有关规范性文件的合法性审查，承担机关行政复议、行政应诉等工作，承担地方生态环境标准和技术规范管理工作。
五、科技与财务处
承担生态环境领域固定资产投资和项目管理有关工作，组织财政专项资金的申报并提出安排意见。承担机关和直属单位财务、国有资产管理、内部审计等工作。承担生态环境科技工作，参与指导和推动循环经济与生态环保产业发展。
六、自然生态保护处
组织起草生态保护规划，开展全省生态状况评估。承担自然保护地、生态保护红线有关监管工作。组织开展生物多样性保护、生物遗传资源保护、生物安全管理工作。承担云南省生物多样性保护委员会办公室的日常工作。
七、生态文明建设处
负责指导、协调全省生态文明体制改革工作。指导全省开展生态示范创建，并对有关工作情况进行监督检查。承担省委全面深化改革委员会生态文明体制改革专项小组办公室的具体工作。
八、水生态环境处
负责全省地表水生态环境监管工作，拟订和监督实施重点流域生态环境规划，建立和组织实施跨界水体断面水质考核制度，监督管理饮用水水源地生态环境保护工作，指导入河排污口设置。
九、大气环境处
负责全省大气、噪声、光、化石能源等污染防治的监督管理，组织开展大气环境质量改善目标落实情况考核工作，组织拟订全省重污染天气应对政策措施，组织协调大气面源污染防治工作。组织实施应对气候变化及温室气体减排规划和政策，综合分析气候变化对经济社会发展的影响，组织实施清洁发展机制工作。
十、土壤生态环境处
负责全省土壤、地下水等污染防治和生态保护的监督管理，组织指导农村生态环境保护，监督指导农业面源污染治理工作。
十一、固体废物与化学品处
负责全省固体废物、化学品、重金属等污染防治的监督管理。组织实施危险废物经营许可及出口核准、固体废物进口许可、有毒化学品进出口登记、新化学物质环境管理登记等环境管理制度。
十二、核安全与辐射环境管理处
负责核安全和辐射环境安全的监督管理工作，组织辐射环境监测，参与核与辐射事故应急工作，负责核材料管制和民用核安全设备设计、制造、安装及无损检验活动的监督管理。负责核燃料循环设施、放射性废物处理和处置设施、核设施退役项目、核技术利用项目、铀（钍）矿和伴生放射性矿、电磁辐射装置和设施、放射性物质运输的核安全、辐射安全和辐射环境保护、放射性污染治理的监督管理。
十三、行政审批处（环境影响评价与排放管理处）
负责统筹协调厅内行政审批事项，牵头制定有关工作规则，并组织实施。承担规划环境影响评价、政策环境影响评价、项目环境影响评价工作，承担排污许可的综合协调和管理工作，拟订生态环境准入清单并组织实施。
十四、生态环境监测处
组织开展生态环境监测、温室气体减排监测、应急监测，调查评估全省生态环境质量状况并进行预测预警，承担全省生态环境监测网建设和管理工作。
十五、对外交流合作处
研究提出对外生态环境合作中有关问题的建议，组织协调省际和区域环境保护合作，组织协调有关生态环境国际条约的履约工作，参与处理涉外生态环境事务，参与对外生态环境治理有关工作。
十六、宣传教育处
拟订并组织实施生态环境保护宣传教育纲要，组织开展生态文明建设和环境友好型社会建设的宣传教育工作。承担厅新闻审核和发布，指导生态环境舆情收集、研判、应对工作。
十七、生态环境执法局
监督生态环境政策、规划、法规、标准的执行。拟订生态环境保护综合执法工作办法并组织实施、组织实施建设项目环境保护设施同时设计、同时施工、同时投产使用制度。组织协调生态环境保护领域重大案件和跨州、市行政区域执法的督办查处。指导全省生态环境保护综合执法队伍建设和业务工作。承担省级执法事项,组织开展执法稽查和应急调查。
十八、生态环境保护区域督察第一办公室
负责对昆明市、昭通市、曲靖市和文山州区域范围内党委和政府及有关部门生态环境保护法律法规、标准、政策、规划执行情况，生态环境保护党政同责、一岗双责的落实情况，以及生态环境质量责任等落实情况进行督察。承担省生态环境厅交办的其他工作事项。
十九、生态环境保护区域督察第二办公室
负责对玉溪市、红河州、普洱市和西双版纳州区域范围内党委和政府及有关部门生态环境保护法律法规、标准、政策、规划执行情况，生态环境保护党政同责、一岗双责的落实情况，以及生态环境质量责任等落实情况进行督察。承担省生态环境厅交办的其他工作事项。
二十、生态环境保护区域督察第三办公室
负责对保山市、德宏州、怒江州和临沧市区域范围内党委和政府及有关部门生态环境保护法律法规、标准、政策、规划执行情况，生态环境保护党政同责、一岗双责的落实情况，以及生态环境质量责任等落实情况进行督察。承担省生态环境厅交办的其他工作事项。
二十一、生态环境保护区域督察第四办公室
负责对楚雄州、大理州、丽江市和迪庆州区域范围内党委和政府及有关部门生态环境保护法律法规、标准、政策、规划执行情况，生态环境保护党政同责、一岗双责的落实情况，以及生态环境质量责任等落实情况进行督察。承担省生态环境厅交办的其他工作事项。
二十二、机关党委（行政体制与人事处）
负责机关和直属单位的党群工作。承担机关和直属单位的干部人事、机构编制、劳动工资工作。指导全省生态环境行业人才队伍建设，承担生态环境保护系统领导干部双重管理有关工作，承担生态环境行政体制改革有关工作。组织协调生态环境系统业务培训工作，负责厅机关和直属单位的离退休人员工作。
