根据《中共中央办公厅、国务院办公厅关于印发〈西藏自治区人民政府机构改革方案〉的通知》（厅字〔2009〕5号）、《中共西藏自治区委员会办公厅、西藏自治区人民政办公厅印发<西藏自治区人民政府机构改革方案的实施意见〉的通知》（藏党办发）〔2009〕27号）精神，设立西藏自治区环境保护厅，为自治区人民政府组成部门。
西藏自治区环境保护厅主要职责：（一）负责建立健全环境保护制度。贯彻执行国家环境保护方针、政策和法律、法规、标准，拟订自治区环境保护政策、规划；起草环境保护的地方性法规草案和规章草案；组织编制全区环境功能区划；组织制定全区各类地方环境保护标准和技术规范；组织拟订并监督实施全区重点区域、流域污染防治规划和饮用水水源地环境保护规划；参与制定地方主体功能区划。
（二）负责地方重大环境问题的统筹协调和监督管理。牵头协调地方重特大环境污染事故和生态破坏事件的调查处理；指导协调各地（市）行署（人民政府）、县（市、区）人民政府重特大突发环境事件的应急、预警工作；协调解决有关跨区域环境污染纠纷；统筹协调全区重点流域、区域污染防治工作。
（三）承担落实国家和自治区减排目标的责任。组织实施地方主要污染物排放总量控制和排污许可证制度，提出自治区实施总量控制的污染物名称和控制指标，督查、督办、核查各地污染物减排任务完成情况；实施欢快保护指标责任制、总量减排考核并公布考核结果。
（四）对地方环境保护领域固定资产投资规模和方向、全区财政性资金安排提出建议。配合有关部门组织实施自治区级以上环境保护固定资产投资项目并对其进行监督‘参与指导和推动循环经济和环保产业发展。
（五）承担从源头上预防、控制环境污染破坏的责任。受自治区人民政府委托对重大经济和技术政策、发展规划以及重大经济开发规划、计划进行环境影响评价；对涉及环境保护的法规、规章草案提出有关环境影响方面的意见；按国家规定审批重大开发建设区域、项目环境影响评价文件。
（六）负责地方环境污染防治的监督管理。研究拟订水体、大气、土壤、噪声、光、恶臭、固体废物、化学品、机动车等的污染防治管理细则并组织实施；组织指导城镇和农牧区的环境综合整治工作。
（七）指导、协调、监督生态保护工作。组织编制全区生态保护规划，指导、协调、监督生态西藏建设和西藏高原国家生态安全屏障建设工作；组织评估生态环境质量状况，监督对生态环境有影响是自然资源开发利用活动、重要生态环境建设和生态破坏恢复工作；指导、协调、监督各种类型的自然保护区、风景名胜区、森林公园、地质公园的环境保护工作；负责向自治区人民政府提出各类自然保护区、生态功能保护区新建和调整的审批建议，负责建立综合类型自然保护区和生态功能保护区；协调和监督野生动植物保护、湿地环境保护、荒漠化防治工作；协调指导农牧区生态环境保护；监督生物技术环境安全，牵头生物物种（含遗传资源）工作；组织协调全区生物多样性保护。
（八）负责辐射安全的监督管理。负责辐射环境事故应急处理工作。负责放射性同位素及射线装置安全监督管理。负责放射源销售、使用安全许可审批。负责放射性废物收贮工作。监督管理电磁辐射、伴有放射性矿产资源开发利用中的污染防治。组织开展辐射环境监测。
（九）负责环境监测和信息发布。贯彻落实国家环境监测制度和规范；组织实施环境质量监测和污染源监督性监测；组织对全区环境质量状况进行调查评估、预测预警；组织建设和管理全区环境监测网和地方环境信息网；建立和实行环境质量公告制度，统一发布全区环境综合性报告和重大环境信息。
（十）开展环境保护科技工作。组织全区环境保护重大科学研究和技术工作工程示范，推动环境技术管理体系建设。参与应对气候变化工作。
（十一）开展环境保护国际合作交流。研究提出国际环境合作中有关地方问题的建议；受自治区人民政府委托参与处理涉外环境保护事务。
（十二）组织、指导和协调全区环境保护宣传教育工作。制定并组织实施全区环境保护宣传教育纲要；开展生态文明建设、环境友好型社会建设、生态西藏和西藏高原国家生态安全屏障建设是有关宣传教育工作；推动社会公众和社会组织参与环境保护。
（十三）承办自治区人民政府交办的其他事项。
