2009年4月，经北京市政府批准，北京三元集团有限责任公司、北京华都集团有限责任公司、北京市大发畜产公司重组为北京首都农业集团有限公司。
三元集团始建于1949年9月的平郊农垦管理局；华都集团始建于1975年4月的北京市机械化养鸡养猪工程指挥部（北京市畜牧局的前身）；大发畜产公司创建于1985年5月。三家企业在发展历程中为首都副食品供应，农业现代化发展做出了重要贡献。
截至2016年，首都农业集团总资产近660亿元，员工4万人，国有全资及控股企业64家，
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